Rouhollah Moussavi Khomeini (en persan : روح الله موسوی خمینی), parfois transcrit Khomeiny ou Khomeyni, né le 17 mai 1900 à Khomein (Sublime État de Perse) et mort le 3 juin 1989 à Téhéran (république islamique d'Iran), est un ayatollah, révolutionnaire et homme d'État iranien.
Expulsé d'Iran en raison de son opposition au shah Mohammed Reza Pahlavi, il s'exile en Irak puis en France, à Neauphle-le-Château. À la suite de la révolution islamique de 1979, il fonde la république islamique d'Iran dont il devient le Guide suprême.
Il met en place une théocratie chiite, caractérisée par un régime autoritaire et d'importantes restrictions des libertés individuelles. Son passage au pouvoir est marqué par la prise d’otages à l’ambassade américaine de Téhéran, la guerre Iran-Irak, et le massacre des prisonniers politiques iraniens de 1988.
Son idéologie, le khomeinisme, a inspiré l'islamisme chiite au Moyen-Orient. Revendiquant une ascendance alide par Moussa al-Kazim, il est également considéré comme marja par de nombreux chiites après la mort de l'ayatollah Hossein Tabatabai Borujerdi.